近年來，為更高效保障進口食品質量安全，海關搭建覆蓋食品進口報關代理全過程的治理體系，實行在進口前嚴格準入、食品進口報關時嚴格檢驗檢疫、進口后嚴格后續監管“三段管理模式”。
1. 進口前嚴格準入
我國對肉類、乳制品、水產品、燕窩、腸衣、植物源性食品、中藥材、蜂產品等8大類產品實施準入評估，海關總署對向我國出口相關食品的國家（地區）的食品安全體系進行評估和審查。只有完全符合我國規定要求的才可以向我國出口食品。
同時，海關對向中國出口肉類、水產品、乳品等食品的境外食品生產企業實施注冊制度。海關總署會組織專家評審組對提出申請的企業進行審查，只有審查通過才能獲準注冊。
當然，獲準注冊也并不是一件一勞永逸的事。比如，為防范新冠肺炎疫情通過冷鏈食品進口報關代理輸入風險，保護消費者身體健康安全，海關會對檢出新冠病毒核酸陽性的進口冷鏈食品境外生產企業實施緊急預防性措施。
2. 進口時嚴格檢驗檢疫
食品進口報關代理到達口岸后，海關會根據風險布控指令等監督管理的要求，對進口食品實施現場查驗，以及取樣送檢。經檢驗檢疫綜合評定合格的，海關出具《入境貨物檢驗檢疫證明》，準予銷售、使用。檢出涉及安全、健康、環境保護項目不合格的，海關會責令當事人銷毀，或者出具退貨處理通知單，由進口商辦理退運手續。
3. 進口后嚴格后續監管
按照要求，進口商要建立食品進口和銷售記錄制度，應以書面或者電子方式如實記錄食品進口報關代理與銷售的相關信息，保證全程可追溯。海關會對進口商進行后續監管，對于未建立并遵守食品進口記錄和銷售記錄制度的食品進口商，海關會責令改正，給予警告或罰款，直至責令停止經營。
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