當集裝箱內所裝載的貨物總重或體積沒能達到規定的最低重量噸或體積噸，而導致集裝箱裝載能力未被充分利用時，貨主將支付虧箱運費。虧箱運費實際上就是對不足計費噸所計收的運費，即是所規定的最低計費噸與實際裝載貨物數量之間的差額。在計算虧箱運費時，通常是以箱內所載貨物中費率最高者為計算標準。此外，當集裝箱最低利用率是以“最低包箱運費”形式表示時，如果根據箱內所載貨物噸數與基本費率相乘所得運費數額，再加上有關附加費之后仍低于最低包箱運費，則按后者計收運費。
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