高級(jí)認(rèn)證內(nèi)部審計(jì)既要對(duì)進(jìn)出口活動(dòng)進(jìn)行內(nèi)部審計(jì)，也要對(duì)持續(xù)符合高級(jí)認(rèn)證企業(yè)標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行審計(jì)。可以合并在一次審計(jì)活動(dòng)進(jìn)行，也可以分開(kāi)進(jìn)行，但每年至少實(shí)施一次。
要推進(jìn)上述的審計(jì)活動(dòng)，企業(yè)內(nèi)部需要建立相應(yīng)的組織。從工作職能上看應(yīng)由企業(yè)的內(nèi)部審計(jì)部門來(lái)負(fù)責(zé)高級(jí)認(rèn)證內(nèi)部審計(jì)，但是會(huì)增加了內(nèi)部審計(jì)部門的工作量。而通關(guān)部門是海關(guān)高級(jí)認(rèn)證的申請(qǐng)和推動(dòng)部門，最清楚海關(guān)高級(jí)認(rèn)證的要求，但不能擔(dān)任進(jìn)出口活動(dòng)內(nèi)部審計(jì)，否則就有自己審自己的尷尬了。所以由內(nèi)部審計(jì)部門來(lái)負(fù)責(zé)是最合適的。但并不意味著把高級(jí)認(rèn)證內(nèi)審大量的工作都甩給內(nèi)審部門，通關(guān)部門和其他與高級(jí)認(rèn)證相關(guān)的部門要積極協(xié)助。
還有一種組織方法也是海關(guān)認(rèn)可的，即企業(yè)內(nèi)成立專門的高級(jí)認(rèn)證內(nèi)部審計(jì)組織。例如由通關(guān)部門，內(nèi)審部門牽頭，企業(yè)內(nèi)其他與高級(jí)認(rèn)證相關(guān)的部門（人事部門，安全部門，物流部門，it部門，財(cái)務(wù)部門）參加，成立專門的高級(jí)認(rèn)證內(nèi)部審計(jì)組織。該組織接受法人或董事長(zhǎng)的領(lǐng)導(dǎo)，并直接向他們報(bào)告。
這種高級(jí)認(rèn)證內(nèi)部審計(jì)組織在組建時(shí)需要與企業(yè)各部門協(xié)調(diào)，與法人或董事長(zhǎng)報(bào)告，制作組織圖等資料，相對(duì)比較麻煩。但好處在于調(diào)動(dòng)了企業(yè)內(nèi)高級(jí)認(rèn)證相關(guān)業(yè)務(wù)的積極性，廣泛宣傳高級(jí)認(rèn)證的守法意識(shí)，培養(yǎng)更多熟悉高級(jí)認(rèn)證標(biāo)準(zhǔn)的人員。企業(yè)內(nèi)各部門都對(duì)本部門的高級(jí)認(rèn)證相關(guān)業(yè)務(wù)和要求了如指掌。知道什么該做，什么不該做。
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